Jorge Fernando Branco de Sampaio nasceu em Lisboa, na freguesia de São Sebastião da Pedreira, às 19 horas de 18 de setembro de 1939. O pai, Arnaldo Sampaio, era um minhoto de Guimarães que teve uma notável carreira como médico de saúde pública. A mãe, Fernanda Bensaúde Branco, lisboeta, pertencia a uma família com raízes nos Açores e origens judaicas. A política e a diplomacia estavam no ADN familiar: o avô materno, Fernando Branco, fora ministro dos Negócios Estrangeiros de um Governo da ditadura militar chefiado pelo general Domingos de Oliveira. O segundo nome próprio, Fernando, foi, de resto, uma homenagem a esse avô.
Com a mãe aprendeu inglês, a língua de comunicação entre ambos. Fez a escola primária num colégio inglês em Lisboa, o Queen Elizabeth’s School. Ruivo e sardento, era conhecido como “o cenoura”. Em 1947 o pai frequentou um mestrado em saúde pública na Universidade Johns Hopkins, em Baltimore (EUA). Lá passou quase todo esse ano letivo — o único estrangeiro numa escola pública, onde ganhou o gosto pela música clássica, tendo chegado a aprender piano. As férias de verão eram na Praia das Maçãs.