Duarte da Silva nasceu em Lisboa em 1596, filho de um oficial cobrador da sisa, Diogo Pinto, nascido em Alter do Chão, e Catarina Henriques, ambos cristãos-novos, foi batizado na Igreja de São Nicolau, em Lisboa, e crismado na Igreja de São Julião. Os seus avós paternos eram o escrivão Duarte de Sousa e Beatriz Pinto e era sobrinho de Simão Alvarez e da mãe do negociante Duarte da Silva Leão. A veia materna da família reforçou a inclinação e as oportunidades para Duarte da Silva se lançar no comércio e nos negócios.
Na década de 1620 residiu na Bahia (Brasil), onde conheceu o padre António Vieira e se cruzou com os primos/cunhados Jorge Dias Brandão e Rodrigo Aires Brandão, que faziam negócios com açúcar e representavam outros mercadores. Juntos lideravam uma vasta rede comercial que se estendia por todas as partes do Império Português e da Europa. Nesta ocasião, Duarte da Silva participou na luta contra os holandeses, que invadiram a Bahia em 1624, chegando a ser preso e levado para os Países Baixos pelos inimigos, altura em que conheceu o padre António Vieira.