Os diplomas para a reforma do comando superior das Forças Armadas (FA) que o ministro da Defesa, João Gomes Cravinho, já enviou para a Assembleia da República, seguiram com um conjunto de alterações em relação aos documentos que foram apresentados aos partidos e ao Presidente da República (primeiro no Conselho Superior de Defesa Nacional (CSDN) e depois no Conselho de Estado). Marcelo, o comandante supremo das FA já tinha recomendado ao Governo, no comunicado final do CSDN, que era “fundamental o papel dos chefes dos três ramos”, que o ministro posteriormente ouviu por três vezes: mas fontes militares ouvidas pelo Expresso valorizam sobretudo duas alterações e consideram as restantes como apenas “cosméticas”.

A proposta governamental para alterar a Lei Orgânica de Bases da Organização das FA (LOBOFA), que tem como objetivo aproximar Portugal do modelo dos outros países da NATO, concentrando poder no chefe do Estado-Maior General das FA (CEMGFA) - este passa assim a deter o comando operacional que deixa de estar disperso pelos ramos - estava a ser contestada numa série de aspetos pelos chefes de Estado-Maior do Exército, da Armada e da Força Aérea. Das reservas apresentadas pelas chefias militares, o Governo deixou cair o chamado “recurso hierárquico” das decisões e atos dos chefes, que era possível numa versão anterior, e recuou noutra questão incómoda para os ramos, relacionada com a nomeação dos comandantes de componente.