O juiz conselheiro José Lopes da Mota, que foi suspenso um mês de funções por pressões no processo Freeport, em 2009, foi nomeado por Francisca Van Dunem para exercer funções no Gabinete da Ministra da Justiça como adjunto no âmbito da preparação e acompanhamento da Presidência Portuguesa do Conselho da União Europeia.
Em 2009, corria ainda a investigação do processo Freeport, tornou-se público o episódio das pressões aos procuradores Vítor Magalhães e Paes Faria, na altura, ambos do Departamento Central de Investigação e Acção Penal (DCIAP). Lopes da Mota, então presidente do Eurojust terá, segundo os queixosos, dito que o Governo de José Sócrates estava incomodado com a investigação e que se o PS perdesse a maioria absoluta alguém "iria pagar caro por isso" e existiriam "retaliações".
O despacho, assinado a 1 de junho, foi agora publicado na versão eletrónica do Diário da República. A relação entre Van Dunem e José Lopes da Mota é antiga (remonta, pelo menos, ao início dos anos 2000) e de grande confiança. Já em 2019, Lopes da Mota tinha sido selecionado por uma comissão independente presidida pelo juiz conselheiro António Henriques Gaspar e composta pelo juiz José dos Santos Cabral, pelo professor Rui Manuel Gens de Moura Ramos, pelo procurador José Manuel dos Santos Pais e pelo advogado Paulo Saragoça da Matta como um dos três candidatos portugueses ao Tribunal Europeu dos Direitos do Homem - candidatura que não foi bem sucedida.
O caso das pressões acabaria por ser denunciado publicamente por João Palma, o então presidente do Sindicato dos Magistrados do Ministério Público. Pinto Monteiro, então Procurador-geral da República, abriu um inquérito disciplinar a Lopes da Mota, que garantiu sempre que nunca tentou pressionar os magistrados ou passar recados.
Como conta o jornal "Observador", neste extenso artigo dedicado ao caso, a versão de Lopes da Mota não convenceu e o então presidente do Eurojust (apresentaria a demissão na sequência do caso) acabou condenado disciplinarmente à pena de suspensão de serviço, durante 30 dias. O procurador ainda fez uma queixa contra o Conselho Superior do Ministério Público, pedindo a nulidade da decisão, mas o Supremo Tribunal Administrativo não lhe deu razão.
Segundo o mesmo "Observador", a secção disciplinar do Conselho Superior do Ministério Público foi presidida pelo vice-procurador-geral da República, Mário Gomes Dias, e constituída por Barradas Leitão (Relator), Rui Alarcão, Pinto Nogueira, Francisca Van Dunem, Paulo Gonçalves, João Paulo Centeno e Edite Pinho. A atual ministra da Justiça, então procuradora-geral distrital de Lisboa, votou vencido contra a decisão do órgão que cuida dos processos disciplinares dos magistrados.
Em 2017, a pedido de Lopes da Mota, que foi ainda secretário de Estado da Justiça durante o primeiro Governo de António Guterres, o Conselho Superior do Ministério Público reabilitou o magistrado e aceitou limpar sua folha disciplinar por considerar que o juiz conselheiro teve uma boa conduta depois da aplicação da sanção.